市、县（市、区）人民政府应根据核定的农村低保对象人数、实际补差水平、保障标准和一次性补助发放计划等因素，编制年度农村低保资金预算。预算资金总额扣除上级财政上年实际补助的差额部分（不含一次性补助和预拨下年补助），由市、县（市、区）财政承担。预算执行过程中，因不可预测因素导致农村低保资金出现缺口时，市、县（市、区）财政应及时予以弥补。

各级财政部门对农村低保资金实行分账核算，确保专款专用。使用时，由民政部门按月根据核定的享受人数和补助标准提出用款计划，报同级财政部门审核后，实行打卡发放，财政部门在接到当月补助资金用款计划后，每月在25号左右将补助资金打入享受对象个人存折（卡）。